细菌性结膜炎的治疗原则是去除病因，抗感染治疗，在等待实验室结果时，医生应开始局部使用广谱抗生素，确定致病菌属后给予敏感抗生素，根据病情的轻重，可选择结膜囊冲洗，局部用药，全身用药或联合用药，切勿包扎患眼，但可以佩戴太阳镜，以减少光线的刺激，超急性细菌性结膜炎治疗应在诊断性标本收集后立即进行，以减少潜在的角膜及全身感染的发生，局部治疗和全身用药可以相结合。成人急性或亚急性细菌性结膜炎一般选择滴眼剂，儿童则选择眼膏，避免滴眼剂哭泣时随眼排出，而且其作用时间更长。