一般来说，房间隔缺损与头痛并不相关，房间隔缺损的主要症状是生长发育的减缓，或者是明显的，呼吸困难易疲劳，有些患者在发生到比较晚期的时候，会出现一个右心功能不全的表现，如三尖瓣反流引起的颈静脉怒张，腹胀以及肝脏肿大等，在少数的患者，由于他可能出现了下肢静脉的血栓，当下肢静脉血栓脱落一部分时，可能会进入到右心房内，右心房到达左心房，可能出现一个短暂的脑缺血发作，临床表现主要就是头痛，也就是说，当下肢出现深静脉血栓的时候这种头痛就有可能与房间隔缺损有关，这种头痛需要积极的进行治疗，主要的治疗方法是先根治房间隔缺损，然后积极的处理下肢深静脉血栓，手术后头痛症状可以明显减轻。