肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。

肛痿的病理原因：

有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤，由于病原菌不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，所以才不容易治愈。

肛瘘有复杂性，易于复发，但是只要及时就医，及时医治，肛瘘是能够治愈的。低位肛瘘一般经手术能够治愈。高位肛瘘有时手术以后有一定的复发率，只要手术中正确找出内口，正确处理好瘘管，术后按时复诊、换药，大部分能够治愈。高位肛瘘有时瘘管深，经过肛门括约肌以上，损伤肛门括约肌有大便失禁的风险性，术中利用挂线疗法，能够有效预防这种风险性。如确诊肛痿应立即就医。