眼结膜炎的治疗应根据不同的类型选择不同的抗生素：1.细菌性结膜炎：其治疗应当选择抗细菌的滴眼液，比如左氧氟沙星滴眼液，每日4次，每次一滴，氧氟沙星眼膏每晚一次，每次一滴，如果病情较重时，还可以选择口服类的抗生素，比如头孢克圬胶囊，每日两次，每次一粒。2.病毒性结膜炎：其治疗应当选择抗病毒的滴眼液，比如阿昔洛韦滴眼液，每日4次，每次一滴，更昔洛韦眼用凝胶，每日4次，每次一滴。3.真菌性结膜炎：应当选择抗真菌的滴眼液，比如，那他霉素滴眼液每日4次，每次一滴，如果病情较重时，还可以口服氟康唑片，每日两次，每次一片。